教育科学学院前身是1994年10月由原奇台师范学校、玛纳斯师范学校合并组建新的昌吉师范学校，2001年4月并入昌吉学院，更名为小教大专部，2003年5月更名为初等教育学院，2022年6月更名为教育科学学院。

教育科学学院有着数十年的教师教育办学历史与经验积淀。2006年开始招收小学教育本科生，2007年开始招收学前教育本科生，2017年开始招收特殊教育本科生，2020年9月教育技术学专业从物理系剥离并入初等教育学院。目前，全日制本科在校学生2568人。

学院坚持以本为本，不断加强本科专业课程内涵建设，目前学院拥有小学教育1个国家级一流专业，学前教育、教育技术学2个校级一流专业。拥有《现代教育技术》《学前儿童游戏》《教育学》《幼儿园环境设计》《舞蹈基础》《小学教育心理学》6门自治区一流课程，《教育学原理》《教育科学研究方法》《书法基础技法训练》《幼儿园环境设计》《舞蹈基础》《学前儿童保育学》《小学数学课程与教学论》《小学教育心理学》《技术课程教学实践》等13门校级一流课程。

学院有教职工160人，其中专任教师133人，专任教师占教职工总数83.1%，学院生师比为1：16.05，教师队伍年龄、学历、职称、学缘等结构较为合理。拥有天池特聘教授1人，客座教授3人，银龄计划教师5人；拥有天山英才4人、自治区宣传思想文化青年英才1人、校级教学能手4人。拥有自治区文科基地--新疆基础教育质量提升研究中心1个、自治区通用技术实验教学示范中心1个、昌吉州学前教育研究中心1个、校级数智教育发展研究中心1个。学院积极探索应用型人才培养模式，不断提炼研究成果，荣获自治区教学成果三等奖1项，校级教学成果一等奖1项，三等奖1项。教师荣获全国教学创新大赛区赛二等奖3项、三等奖2项。近5年，我院共立项教科研项目91项，其中省部级项目21项、厅局级项目13项，校级57项；发表学术论文129篇；出版学术专著、教材4部，教科研水平有较大提升。